Ninja biasanya segera dikaitkan dengan sosok yng terampil beladiri,  ahli menyusup dan serba misterius seperti yang tampak di dalam ilm atau mangga (komik Jepang). Kata ninja terbentuk dari dua kata yaitu nin dan sha yang masing-masing artinya adalah "tersembunyi" dan "orang". Jadi ninja adalah mata-mata profesional pada zaman feudal  jepang. Sejarah ninja juga sangat sulit dilacak. Info mengenai  keberadaan mereka tersimpan rapat-rapat dalam dokumen-dokumen rahasia.
Ninja juga bisa diartikan sebagai nama yang diberikan kepada  seseorang yang menguasai dan mendalami seni bela diri ninjutsu. Nin  artinya pertahanan dan jutsu adalah seni atau cara. Kata ninja juga  diambil dari kata ninpo. Po artinya adalah falsafah hidup atau dengan  kata lain ninpo adalah falsafah tertinggi dari ilmu beladiri ninjutsu  yang menjadi dasar kehidupan seorang ninja. Jadi ninja akan selalu  waspada dan terintregasi pada prinsip ninpo.
Ninja adalah mata-mata profesional di zaman ketika para samurai masih  memegang kekuasaan tertinggi di pemerintahan Jepang pada abad ke-12.  Pada abad ke-14 pertarungan memperebutkan kekuasaan semakin memanas,  informasi tentang aktivitas dan kekuatan lawan menjadi penting, dan para  ninja pun semakin aktif. Para ninja dipanggil oleh daimyo  untuk mengumpulkan informasi, merusak dan menghancurkan gudang  persenjataan ataupun gudang makanan, serta untuk memimpin pasukan  penyerbuan di malam hari. Karena itu ninja memperoleh latiham khusus.  Ninja tetap aktif sampai Zaman Edo (1600-1868), dimana akhirnya kekuasaan dibenahi oleh pemerintah di Zaman Edo.
Asal-usul ninja
 Dataran Iga, yang dilingkupi pegunungan terpencil, memiliki desa-desa yang khusus melatih ninja. 
Kemunculan ninja pada tahun 52 berhubungan erat dengan masuknya seni nanuso ke Jepang. Seni nonuse inilah yang membuka jalan bagi lahirnya ninja.
Seni nonuse atau yang biasa disebut seni bertindak diam-diam adalah  suatu praktek keagamaan yang dilakukan oleh para pendeta yang pada saat  itu bertugas memberikan info kepada orang-orang di pemerintahan. Sekitar  tahun 645, pendeta-pendeta tersebut menyempurnakan kemampuan bela diri  dan mulai menggunakan pengetahuan mereka tentang nonuse untuk melindungi  diri dari intimidasi pemerintah pusat.
Pada tahun 794-1192,  kehidupan masyarakat Jepang mulai berkembang dan melahirkan kelas-kelas  baru berdasarkan kekayaan. Keluarga kelas ini saling bertarung satu  sama lain dalam usahanya menggulingkan kekaisaran. Kebutuhan keluarga  akan pembunuh dan mata-mata semakin meningkat untuk memperebutkan  kekuasaan. Karena itu permintaan akan para praktisi nonuse semakin  meningkat. Inilah awal kelahiran ninja. Pada abad ke 16 ninja sudah dikenal dan eksis sebagai suatu keluarga atau klan di kota Iga atau Koga.  Ninja pada saat itu merupakan profesi yang berhubungan erat dengan  intelijen tingkat tinggi dalam pemerintah feodal para raja di jepang.  Berdasarkan hal itu, masing-masing klan  memiliki tradisi mengajarkan ilmu beladiri secara rahasia dalam  keluarganya saja. Ilmu beladiri yang kemudian dikenal dengan nama ninjutsu.  Dalah ilmu yang diwariskan dari leluhur mereka dan atas hasil  penyempurnaan seni berperang selama puluhan generasi. Menurut para ahli  sejarah hal itu telah berlangsung selama lebih dari 4 abad. Ilmu itu  meliputi filsafat bushido, spionase, taktik perang komando, tenaga dalam, tenaga supranatural, dan berbagai jenis bela diri lain yang tumbuh dan berkembang menurut zaman. Namun ada sebuah catatan sejarah yang mengatakan bahwa sekitar abad ke-9 terjadi eksodus dari Cina ke Jepang. Hal ini terjadi karena runtuhnya dinasti thang  dan adanya pergolakan politik. Sehingga banyak pengungsi yang mencari  perlindungan ke jepang.sebagian dari mereka adalah jendral besar,  prajurit dan biksu. Mereka menetap di provinsi Iga, di tengah pulau Honshu. Jendral tersebut antara lain Cho Gyokko, Ikai Cho Busho  membawa pengetahuan mereka dan membaur dengan kebudayaan setempat.  Strategi militer, filsafat kepercayaan, konsep kebudayaan, ilmu  pengobatan tradisional, dan falsafah tradisional. Semuanya menyatu  dengan kebiasaan setempat yang akhirnya membentuk ilmu yang bernama  ninjutsu. 
Bela diri ninjutsu 
Gerakan beladiri ninjutsu hanya tendangan, lemparan, patahan, dan  serangan. Kemudian dilengkapi dengan teknik pertahanan diri seperti  bantingan, berputar dan teknik bantu seperti meloloskan diri, mengendap,  dan teknik khusus lainnya. Namun, dalam prakteknya ninja menghindari  kontak langsung dengan lawannya, oleh karena itu berbagai alat lempar,  lontar, tembak, dan penyamaran lebih sering digunakan. Berbeda dengan  seni beladiri lain, ninjutsu mengajarkan teknik spionase, sabotase,  melumpuhkan lawan, dan menjatuhkan mental lawan. Ilmu tersebut digunakan  untuk melindungi keluarga ninja mereka. Apa yang dilakukan ninja memang  sulit dimengerti. Pada satu sisi harus bertempur untuk melindungi, di  sisi lain ninja harus menerapkan "berperilaku kejam dan licik" saat  menggunakan jurus untuk menghadapi lawan. Di sisi lain ajaran ninpo  memberi petunjuk bahwa salah satu tujuan ninjutsu adalah mengaktifkan  indra keenam mereka. paduan intuisi dan kekuatan fisik pada jangka waktu  yang lama memungkinkan para ninja untuk mengaktifkan indra keenamnya.  Sehingga dapat mengenal orang lain dengan baik dan mengerti berbagai  persoalan dalam berbagai disiplin ilmu.
Di dalam ninpo terdapat teknik beladiri tangan kosong (taijutsu),  teknik pedang (kenjutsu), teknik bahan peledak dan senjata api  (kajutsu), teknik hipnotis (saimonjutsu), dan teknik ilusi(genjutsu).  Pada aliran Togaku Ryu dikenal adanya energi yang disebut Kuji Kiri.  Prinsipnya adalah penggabungan antara kekuatan fisik dan mental.  Penyaluran energi yang tepat dari tenaga kuji kiri dapat bersifat  menghancurkan, namun di sisi lain jika digunakan untuk olah pikir dapat  digunakan untuk menyelesaikan persoalan yang pelik.
Ninjutsu akan sia-sia jika ninja tidak memiliki mental dan spiritual  yang kuat. Untuk itu ninja harus menguasai Kuji-in, yaitu kekuatan  spiritual dan mental berdasarkan simbol yang terdapat di telapak tangan  yang dipercaya menjadi saluran energi. Simbol di tangan di ambil dari  praktek pada massa awal penyebaran agama buddha.  Kuji-in digunakan untuk membangun kepercayaan diri dan kekuatan seorang  ninja. Kuji-in mampu meningkatkan kepekaan terhadap keadaan bahaya dan  mendeteksi adanya kematian. Dari 81 simbol yang ada, hanya 9 yang utama, yaitu rin(memberi  kekuatan tubuh), hei (memberi kekuatan menyamarkan kehadiran seseorang),  Toh (menyeimbangkan bagian padat dan cair pada tubuh), sha (kemampuan  menyembuhkan), kai(memberi kontrol menyeluruh terhadap fungsi tubuh),  jin(meningkatkan kekuatan telepati), retsu (memberi kekuatan  telekinetik), zai (meningkatkan keselarasan terhadap alam), dan zen  (memberi pencerahan pikiran dan pemahaman). Seorang ninja akan menjadi  master sejati dengan menguasai simbol-simbol ini.
Walaupun terdapat banyak keluarga ninja di Jepang, baru sekitar tahun  enam puluhan keluarga ninja baru dapat di dekati oleh orang luar. Sejak  ninja dinyatakan terlarang oleh shogun tokugawa pada abad ke 17.  pada tahun 1950 larangan tersebut dicabut oleh pemerintah Jepang. Pada  tahun 1960 televisi jepang menayangkan laporan dokumentasi dan sejarah  ninja. Setelah itu salah satu aliran yang dapat membuka diri dan  memperkenalkan ninja ke dunia luar adalah aliran togakure-ryu dengan  pewaris dari generasi ke 34, masaaki hatsume,.yang profesi  sehari-harinya adalah seorang tabib ahli penyembuhan dan pengobatan  tulang. Pada tahun 1978 ninjutsu berhasil di publikasikan dan diajarkan  ke amerika oleh stephen k. hayes. Sejak saat itu ninjutsu menjadi cabang  beladiri yang paling banyak diminati. 
Peralatan ninja
Anak panah, paku, pisau, dan cakram bintang tajam, secara kolektif dikenal sebagai shuriken, senjata rahasia ninja.  
 
 
 
 
 
Sepasang kusarigama, dipamerkan di Istana Iwakuni.
Ninja diharuskan untuk bisa bertahan hidup di tengah alam, karena itu  mereka menjadi terlatih secara alamiah untuk mampu membedakan tumbuhan  yang bisa dimakan, tumbuhan racun, dan tumbuhan obat. Mereka memiliki  metode cerdik untuk mengetahui waktu dan mata angin. Ninja menggunakan  bintang sebagai alat navigasi mereka ketika menjalankan misi di malam  hari.mereka juga mahir memasang perangkap, memasak hewan, membangun  tempat berlindung, menemukan air dan membuat api.
Ninja memakai baju yang menutup tubuh mereka kecuali telapak tangan  dan seputar mata. Baju ninja ini disebut shinobi shozoko. shinobi  shozoko memiliki 3 warna. Baju warna hitam biasanya dipakai ketika  melakukan misi di malam hari dan bisa juga sebagai tanda kematian yang  nyata bagi sang target. Warna putih digunakan untuk misi di hari  bersalju. Warna hijau sebagai kamuflase agar mereka tidak terlihat dalam  lingkungan hutan.
Shinobi shozoko memiliki banyak kantong di dalam dan luarnya. Kantong  ini digunakan untuk menyimpan peralatan kecil dan senjata yang mereka  butuhkan, seperti racun, shuriken, pisau, bom asap dan lain-lain. Ninja  juga membawa kotak P3K kecil tradisional, yang diisi dengan cairan dan  minuman. Ninja juga memakai tabi yang mirip sepatu boot. Celah yang  memisahkan jempol kaki dengan jari lainnya memudahkan ninja saat  memanjat tali atau dinding.
Ninja wanita atau kunoichi yang biasanya bekerja dengan menggunakan  kefemininan mereka ketika melakukan pendekatan pada sang target  menggunakan manipulasi kejiwaan dan perang batin sebagai senjata mereka.  mereka bisa mendekati target dan membunuhnya tanpa jejak. Kunoichi  memiliki misi yang berbeda dengan ninja laki-laki. Mereka lebih sering  dekat dengan target, sehingga mereka juga lebih sering menggunakan  senjata jarak dekat seperti metsubishi, racun, golok, tali, dan tessen.  Selain itu senjata-senjata tersebut juga praktis dibawa tanpa kelihatan.
Ninja memiliki senjata dalam berbagai jenis, bentuk, dan ukuran. Senjata yang biasanya dipakai adalah katana (pedang) dan sering diletakkan di punggung. Senjata lempar seperti pisau kecil, atau cakramshuriker. Peralatan canggih ninja lainnya adalah sabit berantai yang disebut kusarigama ,kaginawa (jangkar bertali) untuk memanjat dinding, ashiaro untuk membuat jejak kaki palsu agar tidak terlacak saat menjalankan misi, metsubushi (cangkang telur yang diisi dengan pasir dan serbuk logam, biasanya juga kotoran tikus) yang berfungsi untuk membutakan lawan. berbentuk bintang, dikenal sebagai 
 
Pelatihan
Pada saat anak-anak ninja telah dilatih untuk waspada dan dididik  dalam kerahasiaan dan tradisi ilmu mereka. Pada umur 5-6 tahun mereka  diperkenalkan dengan permainan ketangkasan dan keseimbangan tubuh.  Anak-anak disuruh berjalan di atas papan titian yang sangat keci,  mendaki papan yang terjal, dan melompati semak-semak yang berduri. Pada  umur 9 tahun mereka dilatih untuk kelenturan otot. Anak-anak berlatih  berguling dan meloncat. Setelah itu anak-anak diajarkan teknik memukul  dan menendang pada target jerami yang di ikat. Setelah itu pelatihan  meningkat ke seni bela diri tanpa senjata dan setelahnya dasar-dasar  menggunakan pedang dan tongkat.
Pada masa remaja mereka diajari cara menggunakan senjata khusus.  Melempar pisau, penyembunyian senjata, teknik tali, berenang, taktik  bawah air, dan teknik menggunakan alam untuk mendapat informasai atau  untuk menyembunyikan diri. Waktu mereka dihabiskan dalam ruang tertutup  atau bergelantungan di pohon untuk membangun kesabaran, daya tahan, dan  stamina. Terdapat pula latihan gerak tanpa suara dan lari jarak jauh.  Mereka juga diajarkan teknik melompat dari pohon ke pohon atau atap ke  atap.
Pada masa akhir remaja ninja belajar menjadi aktor dan psikologi melalui tingkah laku mereka sendiri dan orang-orang di sekitarnya.  Mereka mulai mengerti cara bekerja jiwa manusia, menggunakan kelemahan  orang lain untuk keuntungan mereka. Mereka juga belajar membuat  obat-obatan, mendapatkan jalan masuk rahasia ke dalam sebuah bangunan,  cara memanjat dinding, melewati atap, mencuri di bawah rantai, mengikat  musuh, cara kabur, dan menggambar peta, rute, petunjuk jalan, serta  wajah.
Filosofi ninja
Filosofi ninja adalah meraih hasil maksimal dengan tenaga minimum.  Muslihat dan taktik lebih sering dilakukan daripada konfrontasi  langsung.
Ninja tidak memiliki status mulia seperti Samurai, sehingga ninja bebas melakukan apapun untuk mengatasi masalah tanpa terikat oleh nama baik keluarga dan kehormatan.